La Euskal Biblioteka de Labayru se empezó a gestar desde los primeros pasos de la institución, y es uno de los puntales de la misma, junto a la enseñanza del euskera y la investigación etnográfica. Desde un principio se consideró necesaria la biblioteca como soporte de la investigación. Hoy en día es más un centro de documentación, ya que además de libros y revistas, cuenta con documentos de otros muchos tipos de formatos.